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中国水产科学研究院东海水产研究所创建于1958年10月,是国家三大海区中面向东海的综合性渔业研究机构，地处上海，2003年被列入国家科技创新体系。
全所现有职工280人，包括各类专业技术人员182余人。其中研究员30人、副研究员51人；博士生导师3人、硕士生导师31人；享有政府特殊津贴的专家29人。1978年以来，有200多项科技成果获国家各级奖励，其中，国家级科技奖17项，省部级科技奖百余项。
研究所以国家渔业发展需求为首要任务，根据学科优势和自身发展目标，主要开展以资源、环境、水产养殖、渔具材料、水产生物技术以及水产品食用安全为重点的渔业可持续发展关键技术研究和相应的应用基础研究。全所设有农业部命名的海洋与河口渔业重点开放实验室、中国水产科学研究院命名的渔业环境与养殖生态重点开放实验室、渔业资源遥感信息技术重点开放实验室和其它六个相关实验室。承担国家科技攻关项目、863项目、973课题、国家自然科学基金重点项目、科技部基础性、公益性项目以及农业部和各级地方政府各类项目。本所重点研究领域：渔业资源调查评估与管理\远洋与极地渔业资源的开发\渔业水域生态环境监测与保护\渔业信息技术\水产养殖容量和健康养殖\水产生物技术\水产品食用安全与质量监控\渔业产物资源与生物制品\负责任捕捞技术与渔业工程基础研究\特殊生境养殖生物学\水产标准化。
全所拥有较厚实的科技资源，馆藏有各种海淡水鱼类标本1700余种；建有我国唯一的一座大型拖网试验水池；拥有各类万元以上大型科研仪器设备200余台（套）；并出版国内外公开发行的《海洋渔业》、《现代渔业信息》学术期刊
2005 年，通过了中国质量体系认证中心 ISO9001 ： 2000 质量管理体系认证，成为我国渔业科研系统第一个进入 ISO9001 质量管理体系的单位。 2006 年，经批准，建立了博士后科研工作站。2008 年，经批准，成为上海研究生联合培养基地。
